Das 1979 zum UNESCO-Biosphärenreservat ernannte Gebiet beherbergt eine der zuverlässigsten Flamingo-Brutkolonien der Karibik, deren Population in den Monaten der größten Ansammlung 18.000 Individuen übersteigt. Die labyrinthartigen Mangrovenkanäle des Reservats, die durch das Zusammentreffen von Süßwasserquellen und Gezeitenströmen entstanden sind, bilden ein Brackwasser-Ökosystem, das 304 Vogelarten, drei Meeresschildkrötenarten und die dichteste Konzentration von Spitzkrokodilen in Nordamerika außerhalb der Everglades unterstützt.
Die ökologische Bedeutung von Celestún beruht auf seiner Lage am Endpunkt des unterirdischen Flusssystems von Yucatán. Cenoten und unterirdische Grundwasserleiter münden in die Ría und erzeugen Salzgehaltsgradienten, die Rote Mangrovenwälder, Seegraswiesen und Algenflächen erhalten, die reich an den Krebstieren und Weichtieren sind, von denen sich Flamingos durch Filtrieren ernähren. Die Isolation des Reservats – nur über eine einzige Küstenstraße erreichbar – bewahrte diese Feuchtgebiete über Jahrhunderte der Expansion von Henequen-Plantagen, die umliegende Regionen entwässerten. Heute unterstützt die Naturschutzgebühr von 120 Pesos die Lebensraumüberwachung, den Nestschutz und die Bootsgenossenschaft, die Besucher durch eingeschränkte Zonen befördert, die für die unabhängige Navigation gesperrt sind.
Ein Tagesausflug nach Celestún ab Mérida überquert das flache Landesinnere Yucatáns, wo die 96 Kilometer lange Reise westwärts von der Kolonialhauptstadt durch ehemaliges Haciendaland führt, das heute in Papaya- und Zitrusplantagen umgewandelt wurde. Das namensgebende Dorf des Reservats mit 6.700 Einwohnern bleibt ein aktiver Fischereihafen, in dem die Lanchas im Morgengrauen ablegen, um ihre Netze im Golf auszubringen. Reiseveranstalter koordinieren die Starts passend zur Öffnung des Reservats um 08:00 Uhr, wenn die Morgenruhe für spiegelglattes Wasser sorgt und die Flamingos aktiv in den flachen Lagunen fressen. Die Mangroventunnel – schmale Kanäle, die von Luftwurzeln überdacht sind – sind nur bei Flut befahrbar, sodass der Abfahrtszeitpunkt eher von Mondzyklen als von Besucherpräferenzen abhängt.
Die Vogelwelt des Reservats umfasst neben Flamingos auch Rosalöffler, Weiße Ibisse und Rötelreiher, die in gemischten Kolonien auf Mangroveninseln nisten. Krokodile sonnen sich in den kühleren Monaten auf Schlammbänken, während Bootsführer die Tiere anhand von Schuppenmustern und fehlenden Gliedmaßen durch Revierkämpfe identifizieren. Der versteinerte Wald – ein Hain aus toten Mangroven, die durch die Sturmflut des Hurrikans Isidore im Jahr 2002 getötet wurden – steht als skelettartiges Zeugnis für die Anfälligkeit des Ästuars gegenüber tropischen Wirbelstürmen, die periodisch seine Kanäle umformen und Sedimente über das Delta verteilen.
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